یکی از ضربات بزرگی که دولت اصلاحات به کشور وارد نمود ، انحلال جهاد سازندگی و ادغام آن با وزارت کشاورزی بود . نهادی که هم سن انقلاب اسلامی بود و به پیشنهاد بنیان گذار کبیر انقلاب راه اندازی شد و منشا خدمات بزرگ و گسترده ای برای محرومان و مستضعفان گردید .
رهبر معظم انقلاب در همان ایامی که این اتفاق درحال شکل گیری بود ، در نامه ای به خاتمی رئیس جمهور وقت مخالفت خود را اعلام می کنند و می نویسند :
«شنیدم در دولت با وجود دفاع و رأی موافق جناب‌عالی، نتیجه رأی‌گیری تأمین‌کننده حفظ و بقای ساختار انقلابی و کارآمد جهاد سازندگی نیست. این نگرانی هست که این تشکیلات مبارک، با آن‌همه آثار و تجربه‌های موفق، در وزارت جدید حل و هضم شود، یقیناً این خسارت بزرگی برای کشور و نظام و انقلاب خواهد بود. اگر آنچه پیش آمده تغییرناپذیر و نهایی است، مقتضی است در انتخاب مسئول برای تشکیلات جدید جلو این ضرر متراکم گرفته شود و اگر نهایی نیست در آن تجدید نظر شود».
این نهاد در واقع با سازماندهی نیروهای جهادی و جوان در حوزه محرومیت زدایی فعالیت های بزرگی را در کشور انجام می داد ، اما با ادغام در وزارت کشاورزی رسما از صحنه خدمت رسانی کنار زده شد .
البته برخی جهادگران و چهره های مختلف این اقدام را یک توطئه از سوی دولت اصلاحات می نامند . حجت الاسلام سید رضا تقوی سال گذشته پس از پیروزی لیست جریان انقلابی در مجلس در گفتگویی درباره نیاز کشور به این نهاد گفته بود : « پشت پرده انحلال جهاد سازندگی توطئه بود تا این نهاد انقلابی را حل و هضم کنند. امروز هم نیاز به تاسیس یک نهادی به نام جهاد سازندگی با همان ویژگی‌های نهادی در کشور به شدت احساس می شود.طرح تشکیل جهاد سازندگی با همان ویژگی‌های نهادی نه وزارتخانه و اداره به کمک دیگر نمایندگان مجلس یازدهم دنبال خواهد شد. این طرح به دنبال گسترش تشکیلات دولتی، افزودن نیروی انسانی در بدنه دولت و تحمیل کردن بار اضافی به بودجه دولت نیست بلکه به دنبال استفاده از ظرفیت‌های مردمی برای خدمت رسانی به محرومان و محرومیت زدایی در کشور است. »
شاید اگر در سال 92 یا 96 دولتی انقلابی به جای دولت روحانی راس کار می آمد ، وضعیت مناطق محروم و مستضعفان بهتر از امروز بود . امروز و در روزهای پایانی دولت روحانی می توان گفت که این دولت اصلاح طلب با نگاه لیبرالی خود ، در واقع در حوزه محرومیت زدایی هیچ اقدام شایسته ای در کارنامه خود ندارد البته طبیعی است که وزرا و مدیرانی که حقوق های نجومی دریافت می کنند و بهترین خدمات رفاهی دولت شامل زندگی انها بوده ،هیچگاه توان درک مشکلات مردم به خصوص محرومان را نخواهند داشت.
حال با پیروزی آیت الله رئیسی در انتخابات و روی کار امدن دولتی انقلابی در کشور امید به رسیدگی به محرومان از سوی دولت در کنار جهادگران سپاهی و ارتشی افزایش یافته است .یکی از اقدامات مفیدی که رئیسی می تواند برای تقویت و سازماندهی محرومیت زدایی در کشور انجام دهد ، راه اندازی مجدد جهاد سازندگی در قالب یک معاونت زیر نظر رئیس جمهور می باشد . پاسخگویی به نیاز های محرومان و بهره گیری از نیروهای عظیم جوان و انقلابی در کشور از فلسفه های تشکیل این نهاد توسط امام خمینی (ره) بود که در واقع ماموریتی خاص و جداگانه با سایر وزارت خانه ها داشته و می تواند در جهت کاهش فقر و بهبود وضعیت محرومان ثمر بخش باشد .