حمیدرضا لشکری، معاون فنی اداره کل محیط زیست البرز، به خطرات زیست محیطی ناشی از انتقال دائمی آب سد کرج از طریق تونل به تهران اشاره و اظهار کرد: این موضوع باعث به خطر افتادن وضعیت اکوسیستم محدوده سد می‌شود و حیات آبزیان و پوشش گیاهی را تحت الشعاع خود قرار می‌دهد.
به گفته لشکری در سال ۹۲ بخ صورت آزمایشی انتقال آب سد کرج از طریق تونل به تهران در بازه زمانی مشخصی صورت گرفت که نتیجه آن پایین آمدن سطح آب رودخانه و مرگ و میر بسیاری از آبزیان بود.وی همچنین تأکید کرد که با افتتاح این پروژه حتی باید منتظر تغییر وضعیت زندگی ساکنان بومی اطراف رودخانه کرج از لحاظ اقتصادی و … باشیم.
پیش از این نیز، برخی از نمایندگان استان البرز در تذکری کتبی به وزیر نیرو درخصوص تبعات زیست محیطی پروژه انتقال آب سد کرج به تهران هشدار داده و اعلام کرده بودند که با توجه به طرح انتقال آب کرج به تهران، مردم کرج به دنبال تضمین قطعی حیات رودخانه و زیست بو منطقه هستند و مسئولیت هرگونه تبعات بعدی برعهده مسئولان ذیربط خواهد بود.پروژه انتقال آب سد کرج به تهران از طریق تونلی ۳۰ کیلومتری در حال انجام است و احداث تونل در مراحل پایانی قرار دارد. پیش از این، آبی که باید از این سد به تهران منتقل می‌شد، از پایین دست رودخانه یعنی منطقه بیلقان به تهران می‌رفت؛ اما این سیستم انتقال آب جدید، ظرفیت انتقال ۱۶ متر مکعب آب در ثانیه را دارد که ظرفیت انتقال حجم بیشتری از آب را به تهران دارد. اداره کل محیط زیست کرج اکنون و پس از حدود ۷ سال از آغاز این پروژه به دنبال متوقف کردن آن است.